服务简介

转录组(RNA-Seq)广义上指某个物种或特定细胞在某一功能状态条件下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段,包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等,狭义上指所有mRNA的集合。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统的基因芯片技术而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测;能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

服务内容

真核有参转录组测序,真核无参转录组测序,原核转录组测序

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力。

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析。

实验路线

mrna-process

实验仪器

mrna

送样要求

样品类型送样要求
动物组织>2g
植物组织>4g
细胞培养0>1×10^7个
血液样本≥2ml
RNA样品1. 请提供浓度≥ 200ng/μL,总量≥10μg的RNA(单次建库用量为5μg);
2. OD260/ 280介于1.8 ~ 2.2 之间 ,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解;
3. 送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
4. 样品保存期间切忌反复冻融;
5. 送样时请使用干冰运输。

参考文献

[1] Marcos Simo˜es-Costa, et al. Transcriptome analysis reveals novel players in the cranial neural crest gene regulatory network. Genome Research, 2014, 1088-9051: 1–12.

转录组测序分析脑神经脊基因网络调控

背景:神经系统是生物体内起主导作用的功能调节系统。高等动物的结构与功能均极为复杂,体内各器官、系统的功能和各种生理过程都不是各自孤立地进行,而是在神经系统的直接或间接调节控制下,互相联系、相互影响、密切配合,使其成为一个完整统一的有机体,实现和维持正常的生命活动。

目的:本文通过Illumina HiSeq2000平台分析鸡胚胎脑神经脊基因的调控网络,同时结合荧光定量PCR、原位杂交、抗体标记验证实验,挖掘差异表达基因以及神经调控通路的差异。

结果:通过转录组测序共得到1558个差异表达的基因,1301个上调的基因和257个下调的基因。对上调的基因进行分析发现:和酶调控相关基因所占比例为41%,转录调节相关基因所占比例为17%,转运蛋白和激酶相关基因所占比例均为11%等。同时对脑神经脊与调控通路、生物过程、疾病相关性进行分析,脑神经脊与整合蛋白信号通路(integrin signaling) 、CXCR4 信号通路相关、RNA加工和骨骼发育不良有关,并在整合蛋白信号通路中、RNA加工过程和骨骼发育不良中表现出上调的现象,在CXCR4信号通路中既有上调的也有下调的,但上调的占主导的位置。该研究为神经脊基因网络调控的研究奠定了坚实的理论基础。

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转录组(RNA-Seq)广义上指某个物种或特定细胞在某一功能状态条件下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段,包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等,狭义上指所有mRNA的集合。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统的基因芯片技术而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测;能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

服务内容

真核有参转录组测序,真核无参转录组测序,原核转录组测序

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力。

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析。

+ 技术参数

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实验仪器

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送样要求

样品类型送样要求
动物组织>2g
植物组织>4g
细胞培养0>1×10^7个
血液样本≥2ml
RNA样品1. 请提供浓度≥ 200ng/μL,总量≥10μg的RNA(单次建库用量为5μg);
2. OD260/ 280介于1.8 ~ 2.2 之间 ,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解;
3. 送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
4. 样品保存期间切忌反复冻融;
5. 送样时请使用干冰运输。
+ 文献及案例

参考文献

[1] Marcos Simo˜es-Costa, et al. Transcriptome analysis reveals novel players in the cranial neural crest gene regulatory network. Genome Research, 2014, 1088-9051: 1–12.

转录组测序分析脑神经脊基因网络调控

背景:神经系统是生物体内起主导作用的功能调节系统。高等动物的结构与功能均极为复杂,体内各器官、系统的功能和各种生理过程都不是各自孤立地进行,而是在神经系统的直接或间接调节控制下,互相联系、相互影响、密切配合,使其成为一个完整统一的有机体,实现和维持正常的生命活动。

目的:本文通过Illumina HiSeq2000平台分析鸡胚胎脑神经脊基因的调控网络,同时结合荧光定量PCR、原位杂交、抗体标记验证实验,挖掘差异表达基因以及神经调控通路的差异。

结果:通过转录组测序共得到1558个差异表达的基因,1301个上调的基因和257个下调的基因。对上调的基因进行分析发现:和酶调控相关基因所占比例为41%,转录调节相关基因所占比例为17%,转运蛋白和激酶相关基因所占比例均为11%等。同时对脑神经脊与调控通路、生物过程、疾病相关性进行分析,脑神经脊与整合蛋白信号通路(integrin signaling) 、CXCR4 信号通路相关、RNA加工和骨骼发育不良有关,并在整合蛋白信号通路中、RNA加工过程和骨骼发育不良中表现出上调的现象,在CXCR4信号通路中既有上调的也有下调的,但上调的占主导的位置。该研究为神经脊基因网络调控的研究奠定了坚实的理论基础。

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