服务简介

环境微生物群落多样性分析,基于和Illumina HiSeq 2500 和HiSeq 4000、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台,对核糖体RNA高变区域,比如16S/18S/ITS等序列;或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序,揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(Constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定,微生态研究等方面起到重要作用。

18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。

服务内容

1.数据处理

  • 去除低质量及含有接头(adapter)、读N碱基等的reads
  • 产出数据及质控统计
  • Paired-end reads拼接为tags
  • 去除引物序列

2.标准信息分析

(1)物种组成和丰度分析

  • OTU及其丰度分析
  • OTU聚类
  • OTU韦恩图(2≤样本数或组数≤5)
  • OTU PCA分析
  • OTU Rank曲线
  • 物种及其丰度分析
  • 物种注释
  • 物种热图分析
  • 物种系统进化分析

(2)样品复杂度分析

  • 单个样品复杂度分析
  • Alpha多样性分析
  • Alpha多样性稀释曲线图
  • 组间样本Alpha多样性指数盒形图与差异检验(组别≥2,每组样品数≥3)
  • 样品间复杂度比较分析(n≥4)
  • Beta多样性分析
  • Beta多样性热图
  • Beta多样性PCoA分析
  • 不同样品物种组成聚类分析

应用领域

农业、土壤、林业、海洋、工业微生物、皮肤、口腔、胃肠道、医学、生物技术、环境修复

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析

实验路线

microbial-diversity-process

送样要求

样品类型基因组DNAPCR产物
样品需求量≥500ng≥100ng
样品浓度≥10ng/μL≥5ng/μL
样品纯度OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
运输样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输

参考文献

[1] Microbial diversity and methanogenic activity of Antrim Shale formation waters from recently fractured wells. Front Microbiol. 2013 Dec 6;4:367

对水体环境样本中微生物的16S rDNA的V4区域测序

结果证明,在分类与群落多样性的研究上与前人的研究结果一致。相比于454 GS FLX,采用illumina MiSeq测序平台读长的增加可以使分析结果更高效,所得的数据量更大,测序深度更深,覆盖度更广,从而能够检测到环境样本中丰度较低的微生物。

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环境微生物群落多样性分析,基于和Illumina HiSeq 2500 和HiSeq 4000、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台,对核糖体RNA高变区域,比如16S/18S/ITS等序列;或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序,揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(Constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定,微生态研究等方面起到重要作用。

18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。

服务内容

1.数据处理

  • 去除低质量及含有接头(adapter)、读N碱基等的reads
  • 产出数据及质控统计
  • Paired-end reads拼接为tags
  • 去除引物序列

2.标准信息分析

(1)物种组成和丰度分析

  • OTU及其丰度分析
  • OTU聚类
  • OTU韦恩图(2≤样本数或组数≤5)
  • OTU PCA分析
  • OTU Rank曲线
  • 物种及其丰度分析
  • 物种注释
  • 物种热图分析
  • 物种系统进化分析

(2)样品复杂度分析

  • 单个样品复杂度分析
  • Alpha多样性分析
  • Alpha多样性稀释曲线图
  • 组间样本Alpha多样性指数盒形图与差异检验(组别≥2,每组样品数≥3)
  • 样品间复杂度比较分析(n≥4)
  • Beta多样性分析
  • Beta多样性热图
  • Beta多样性PCoA分析
  • 不同样品物种组成聚类分析

应用领域

农业、土壤、林业、海洋、工业微生物、皮肤、口腔、胃肠道、医学、生物技术、环境修复

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析

+ 技术参数

实验路线

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送样要求

样品类型基因组DNAPCR产物
样品需求量≥500ng≥100ng
样品浓度≥10ng/μL≥5ng/μL
样品纯度OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
运输样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输
+ 文献及案例

参考文献

[1] Microbial diversity and methanogenic activity of Antrim Shale formation waters from recently fractured wells. Front Microbiol. 2013 Dec 6;4:367

对水体环境样本中微生物的16S rDNA的V4区域测序

结果证明,在分类与群落多样性的研究上与前人的研究结果一致。相比于454 GS FLX,采用illumina MiSeq测序平台读长的增加可以使分析结果更高效,所得的数据量更大,测序深度更深,覆盖度更广,从而能够检测到环境样本中丰度较低的微生物。

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