服务简介

DNA中碱基的化学修饰近年来一直是生命科学领域研究的热点之一。,真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下的CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。

C可以被DNMT(DNA甲基转移酶)转化为5mC,5mC可以被TET(一种DNA去甲基化酶)依次转化为5hmC、5fC、5caC,最后由TDG/BER介导的碱基修复机制重新生成C,完成整个循环。

methylation-detection

Wu, H. and Y. Zhang, Reversing DNA methylation: mechanisms, genomics, and biological functions. Cell, 2014. 156(1-2): p. 45-68

大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA甲基化状态与生长发育调控及生理状态密切相关,比如在肿瘤发生时,抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG岛中的CpG则程高度的甲基化状态,导致抑癌基因表达的下降。

原核生物中甲基化多发生在CCA/TGG和GATC序列;真核生物中DNA甲基化一般发生在CpG位点上;哺乳动物DNA甲基化只发生在CpG岛的胞嘧啶,植物甲基化发生在CpG和CpNpG。甲基化会使胞嘧啶转为5-甲基胞嘧啶,CpG位点在基因组是不常见的,主要密集于接近基因启动子的位置,统称为CpG岛。CpG位点的甲基化可以对基因表现有重要的影响。哺乳动物中,CpG序列在基因组中出现的频率仅有1%,远低于的其它双核苷酸序列。但在基因组的某些区域中CpG序列密度很高,可以达均值的5倍以上即所谓的CpG岛。通常,CpG岛大约含有500多个碱基,位于基因的启动子区或第一个外显子区。 在哺乳动物基因组中约有4万个CpG岛,而且只有CpG岛的胞嘧啶能够被甲基化。

服务内容

服务名称内容说明
BSP克隆测序法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、扩增、克隆、产物测序、分析报告
Mass Array法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、PCR扩增检测、Mass Array检测、分析报告
焦磷酸测序法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、扩增、产物测序、分析报告

应用领域

人们逐步认识到差异性DNA 甲基化在基因调控、蛋白质表达、胚胎发育、个体生长中起重要作用,并且在肿瘤疾病中的研究已得到肯定。目前人们正致力于研究DNA 甲基化与其他常见疾病( 如心血管疾病、糖尿病等) 的联系,并取得很大进展。这些进展为临床更好地认识疾病的发生、发展,解决治疗上遇到的问题开辟了一条新的道路。

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析

实验路线

methylation-detection-process

参考文献

[1]Intra-tumor heterogeneity of MLH1 promoter methylation revealed by deep single molecule bisulfite sequencing,Nucleic Acids Research,2009.

利用二代测序和BSP(bisulfite sequencing PCR)研究MLH1 启动子区域甲基化状况在肿瘤内部的异质性

同一肿瘤中可能包含不同体细胞变异的细胞,过去对肿瘤的这种异质性研究主要集中在遗传学领域,作者则将目光锁定在表观遗传学方面。研究人员先利用二代测序手段,对来自33个样本(包括子宫内膜癌,相应的外周血以及正常的子宫内膜组织)的1000个分子的MLH启动子区域的甲基化谱(spectrum of MLH1 promoter methylation)进行研究,后续再利用BSP手段进行验证,发现了不同的子宫内膜癌细胞MLH1启动子区域出人意料的甲基化异质性形式,这种高分辨率的研究手段能够研究肿瘤甲基化的克隆性(clonality of methylation)从而对肿瘤发生过程中对启动子区域异常甲基化的状况进行研究

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DNA中碱基的化学修饰近年来一直是生命科学领域研究的热点之一。,真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下的CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。

C可以被DNMT(DNA甲基转移酶)转化为5mC,5mC可以被TET(一种DNA去甲基化酶)依次转化为5hmC、5fC、5caC,最后由TDG/BER介导的碱基修复机制重新生成C,完成整个循环。

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Wu, H. and Y. Zhang, Reversing DNA methylation: mechanisms, genomics, and biological functions. Cell, 2014. 156(1-2): p. 45-68

大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA甲基化状态与生长发育调控及生理状态密切相关,比如在肿瘤发生时,抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG岛中的CpG则程高度的甲基化状态,导致抑癌基因表达的下降。

原核生物中甲基化多发生在CCA/TGG和GATC序列;真核生物中DNA甲基化一般发生在CpG位点上;哺乳动物DNA甲基化只发生在CpG岛的胞嘧啶,植物甲基化发生在CpG和CpNpG。甲基化会使胞嘧啶转为5-甲基胞嘧啶,CpG位点在基因组是不常见的,主要密集于接近基因启动子的位置,统称为CpG岛。CpG位点的甲基化可以对基因表现有重要的影响。哺乳动物中,CpG序列在基因组中出现的频率仅有1%,远低于的其它双核苷酸序列。但在基因组的某些区域中CpG序列密度很高,可以达均值的5倍以上即所谓的CpG岛。通常,CpG岛大约含有500多个碱基,位于基因的启动子区或第一个外显子区。 在哺乳动物基因组中约有4万个CpG岛,而且只有CpG岛的胞嘧啶能够被甲基化。

服务内容

服务名称内容说明
BSP克隆测序法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、扩增、克隆、产物测序、分析报告
Mass Array法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、PCR扩增检测、Mass Array检测、分析报告
焦磷酸测序法设计合成引物、DNA质检、亚硫酸氢盐修饰、扩增、产物测序、分析报告

应用领域

人们逐步认识到差异性DNA 甲基化在基因调控、蛋白质表达、胚胎发育、个体生长中起重要作用,并且在肿瘤疾病中的研究已得到肯定。目前人们正致力于研究DNA 甲基化与其他常见疾病( 如心血管疾病、糖尿病等) 的联系,并取得很大进展。这些进展为临床更好地认识疾病的发生、发展,解决治疗上遇到的问题开辟了一条新的道路。

技术优势

1.极强地处理复杂样本的能力

2.灵活进行定制化信息分析,技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

3.拥有专业的生物信息团队和服务器,可结合客户的需求协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析

+ 技术参数

实验路线

methylation-detection-process
+ 文献及案例

参考文献

[1]Intra-tumor heterogeneity of MLH1 promoter methylation revealed by deep single molecule bisulfite sequencing,Nucleic Acids Research,2009.

利用二代测序和BSP(bisulfite sequencing PCR)研究MLH1 启动子区域甲基化状况在肿瘤内部的异质性

同一肿瘤中可能包含不同体细胞变异的细胞,过去对肿瘤的这种异质性研究主要集中在遗传学领域,作者则将目光锁定在表观遗传学方面。研究人员先利用二代测序手段,对来自33个样本(包括子宫内膜癌,相应的外周血以及正常的子宫内膜组织)的1000个分子的MLH启动子区域的甲基化谱(spectrum of MLH1 promoter methylation)进行研究,后续再利用BSP手段进行验证,发现了不同的子宫内膜癌细胞MLH1启动子区域出人意料的甲基化异质性形式,这种高分辨率的研究手段能够研究肿瘤甲基化的克隆性(clonality of methylation)从而对肿瘤发生过程中对启动子区域异常甲基化的状况进行研究

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