服务简介

宏转录组(Metatranscriptome)测序是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段,它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组,

宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。

服务内容

1.标准信息分析

(1)原始数据处理

  • 去除低质量reads、去除接头序列
  • 去除rRNA
  • 去宿主污染(需提供宿主参考基因组)

(2)序列拼接

  • 构建contig
  • contig长度统计
  • Reads利用率统计

(3)基因组组分

  • 基因成分

(4)基因表达

  • 基因覆盖度、覆盖深度统计
  • 基因表达量计算

(5)基因功能注释

  • 基于Nr数据库的功能注释(包含基因物种注释信息)
  • 基于KEGG 数据库的功能注释
  • 基于CAZy(Carbohydrate-Active Enzymes)数据库的功能注释
  • 基于GO 数据库的功能注释
  • 基于eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)数据库的功能注释
  • 基于COG数据库的功能注释
  • 抗生素抗性因子注释

(6)差异表达分析(两个或两个以上样品)

  • 差异表达基因的筛选
  • 差异基因表达模式聚类分析
  • 差异表达基因物种注释
  • 差异表达基因 KEGG Pathway、GO 功能显著性分析

2.定制化分析case by case

可结合客户的需求,协商确定信息分析内容。

技术优势

1.摆脱传统研究需对微生物分离纯培养、克隆等的技术限制

2.可根据客户要求量身定制个性化信息分析

3.能获取环境微生物中动态结构与功能的信息

实验路线

metatranscriptome-process

送样要求

样品类型细菌或RNA样品。其它类型样品请咨询
样品量细菌:5×10^6、RNA: 4μg
RNA质量要求OD260/280: 1.6-2.3,浓度>500ng/μl,RNA无明显降解
样品保存细菌样品可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80保存。样品保存期间避免反复冻融。
样品运输样本置于1.5ml管中,封口膜封好,干冰运输。

参考文献

[1] Integrated metatranscriptomic and metagenomic analyses of stratified microbial assemblages in the open ocean.ISME J. 2011; 5(6): 999–1013

深海Meta项目

麻省理工大学的研究人员在北太平洋,夏威夷群岛海域附近采集4个不同深度的海水样本,测序得到38Mbp的宏转录数据和157Mbp的宏基因组数据。对宏基因组和宏转录组中含有16S rRNA序列的reads进行物种分类,与SEED数据库比对进行功能分类,基于不同的代谢途径对不同环境下宏基因组和宏转录组中的相对丰度进行聚类分析。联合宏基因组与宏转录组的测序的研究方法可更全面地反映自然环境中微生物真实的物种组成和功能结构。

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宏转录组(Metatranscriptome)测序是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段,它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组,

宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。

服务内容

1.标准信息分析

(1)原始数据处理

  • 去除低质量reads、去除接头序列
  • 去除rRNA
  • 去宿主污染(需提供宿主参考基因组)

(2)序列拼接

  • 构建contig
  • contig长度统计
  • Reads利用率统计

(3)基因组组分

  • 基因成分

(4)基因表达

  • 基因覆盖度、覆盖深度统计
  • 基因表达量计算

(5)基因功能注释

  • 基于Nr数据库的功能注释(包含基因物种注释信息)
  • 基于KEGG 数据库的功能注释
  • 基于CAZy(Carbohydrate-Active Enzymes)数据库的功能注释
  • 基于GO 数据库的功能注释
  • 基于eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)数据库的功能注释
  • 基于COG数据库的功能注释
  • 抗生素抗性因子注释

(6)差异表达分析(两个或两个以上样品)

  • 差异表达基因的筛选
  • 差异基因表达模式聚类分析
  • 差异表达基因物种注释
  • 差异表达基因 KEGG Pathway、GO 功能显著性分析

2.定制化分析case by case

可结合客户的需求,协商确定信息分析内容。

技术优势

1.摆脱传统研究需对微生物分离纯培养、克隆等的技术限制

2.可根据客户要求量身定制个性化信息分析

3.能获取环境微生物中动态结构与功能的信息

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实验路线

metatranscriptome-process

送样要求

样品类型细菌或RNA样品。其它类型样品请咨询
样品量细菌:5×10^6、RNA: 4μg
RNA质量要求OD260/280: 1.6-2.3,浓度>500ng/μl,RNA无明显降解
样品保存细菌样品可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80保存。样品保存期间避免反复冻融。
样品运输样本置于1.5ml管中,封口膜封好,干冰运输。
+ 文献及案例

参考文献

[1] Integrated metatranscriptomic and metagenomic analyses of stratified microbial assemblages in the open ocean.ISME J. 2011; 5(6): 999–1013

深海Meta项目

麻省理工大学的研究人员在北太平洋,夏威夷群岛海域附近采集4个不同深度的海水样本,测序得到38Mbp的宏转录数据和157Mbp的宏基因组数据。对宏基因组和宏转录组中含有16S rRNA序列的reads进行物种分类,与SEED数据库比对进行功能分类,基于不同的代谢途径对不同环境下宏基因组和宏转录组中的相对丰度进行聚类分析。联合宏基因组与宏转录组的测序的研究方法可更全面地反映自然环境中微生物真实的物种组成和功能结构。

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