服务简介

微生物群落广泛分布在地球上的每个生态系统中,它们的活动影响着自然环境的营养循环、土壤肥力,有机质的分解,以及物质与能量之间的交换。现代分子生物学揭示,自然界中微生物群落及其栖息的环境远比人们预期的复杂和多样,通过纯培养技术在实验室所获取的微生物仅占环境微生物总量的1%左右。宏蛋白质组是从蛋白质水平对给定位点的环境微生物群落的所有蛋白质组成进行大规模分析,可更好的推动对微生物群落的多样性、结构及潜在基因功能等方面的深入研究。

原理

收集样本后,提取样品中的总蛋白,蛋白经胰蛋白酶酶解成肽段后,与分级技术联用对复杂肽段样品进行分级处理,分级后的组分利用高灵敏度、高分辨率的串联质谱进行鉴定,随后进行数据库搜索获得蛋白鉴定结果。

应用领域

污水生物处理、海洋能量代谢和物质代谢、土壤群落分析、肠道菌群、发酵食品微生物群落分析

技术优势

1.独特、有效的蛋白提取方法,为各种类型的环境样品的蛋白提取提供解决方案;

2.可与分级技术联用获得深度覆盖宏蛋白质组表达谱;

3.先进的质谱分析平台,获得高质量的宏蛋白质组学数据;

4.提供专业、全面的宏蛋白质组数据分析结果。

实验路线

metaproteomics-process

实验仪器

Q-Exactive HF, Orbitrap Fusion

送样要求

样品类型送样要求
土壤、沉积物10g
淤泥5g
发酵食品1g
粪便·0.5g
水体送样为过滤后的滤膜

参考文献

[1] Zampieri E, Chiapello M, Daghino S, et al. Soil metaproteomics reveals an inter-kingdom stress response to the presence of black truffles. Scientific reports, 2016, 6:25773.

[2] Kleiner M, Wentrup C, Lott C, et al. Metaproteomics of a gutless marine worm and its symbiotic microbial community reveal unusual pathways for carbon and energy use. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(19): E1173-E1182.

[3] Zhao M, Zhang D, Su X, et al. An integrated metagenomics/metaproteomics investigation of the microbial communities and enzymes in solid-state fermentation of Pu-erh tea. Scientific reports, 2015, 5:10117.

[4] Wilmes P, Andersson A F, Lefsrud M G, et al. Community proteogenomics highlights microbial strain-variant protein expression within activated sludge performing enhanced biological phosphorus removal. The ISME journal, 2008, 2(8): 853-864.

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微生物群落广泛分布在地球上的每个生态系统中,它们的活动影响着自然环境的营养循环、土壤肥力,有机质的分解,以及物质与能量之间的交换。现代分子生物学揭示,自然界中微生物群落及其栖息的环境远比人们预期的复杂和多样,通过纯培养技术在实验室所获取的微生物仅占环境微生物总量的1%左右。宏蛋白质组是从蛋白质水平对给定位点的环境微生物群落的所有蛋白质组成进行大规模分析,可更好的推动对微生物群落的多样性、结构及潜在基因功能等方面的深入研究。

原理

收集样本后,提取样品中的总蛋白,蛋白经胰蛋白酶酶解成肽段后,与分级技术联用对复杂肽段样品进行分级处理,分级后的组分利用高灵敏度、高分辨率的串联质谱进行鉴定,随后进行数据库搜索获得蛋白鉴定结果。

应用领域

污水生物处理、海洋能量代谢和物质代谢、土壤群落分析、肠道菌群、发酵食品微生物群落分析

技术优势

1.独特、有效的蛋白提取方法,为各种类型的环境样品的蛋白提取提供解决方案;

2.可与分级技术联用获得深度覆盖宏蛋白质组表达谱;

3.先进的质谱分析平台,获得高质量的宏蛋白质组学数据;

4.提供专业、全面的宏蛋白质组数据分析结果。

+ 技术参数

实验路线

metaproteomics-process

实验仪器

Q-Exactive HF, Orbitrap Fusion

送样要求

样品类型送样要求
土壤、沉积物10g
淤泥5g
发酵食品1g
粪便·0.5g
水体送样为过滤后的滤膜
+ 文献及案例

参考文献

[1] Zampieri E, Chiapello M, Daghino S, et al. Soil metaproteomics reveals an inter-kingdom stress response to the presence of black truffles. Scientific reports, 2016, 6:25773.

[2] Kleiner M, Wentrup C, Lott C, et al. Metaproteomics of a gutless marine worm and its symbiotic microbial community reveal unusual pathways for carbon and energy use. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(19): E1173-E1182.

[3] Zhao M, Zhang D, Su X, et al. An integrated metagenomics/metaproteomics investigation of the microbial communities and enzymes in solid-state fermentation of Pu-erh tea. Scientific reports, 2015, 5:10117.

[4] Wilmes P, Andersson A F, Lefsrud M G, et al. Community proteogenomics highlights microbial strain-variant protein expression within activated sludge performing enhanced biological phosphorus removal. The ISME journal, 2008, 2(8): 853-864.

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