服务简介

非标定量法(Label-Free)是近年来重要的质谱定量方法,通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标,提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性,广受科研工作者的推崇。

原理

非标定量法(Label-Free)是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化,认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关,因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度,通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种:

第一种spectrum counts类的非标记方法,发展比较早,已经形成多种定量算法,但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础, 计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。

labelfree

应用领域

疾病标志物筛选、疾病控制机制、药物作用靶点研究、发育机制研究、产量提高、作用机制研究、植物抗逆、营养吸收机制研究、稀有物种研究、特殊功能蛋白质筛选。

技术优势

1.无需昂贵的稳定同位素标签标记样本,实验成本低;

2.信息量大,样本数不受限制,可用于大规模数量样本检测;

3.对样本的操作较少,并且不受样品条件的限制,所需样本量低;

4.可以检测到的肽段动态范围可以达到4个数量级以上,提高了低丰度蛋白质的检测效率、非标记定量准确性。

实验路线

labelfree process

实验仪器

Q-Exactive, Q-Exactive HF, Orbitrap Fusion, Orbitrap Fusion Lumos

送样要求

样品类型送样要求
常规动物组织15mg
坚硬动物组织100mg
动物毛发10mg
常规植物组织100mg
木本植物的树根、树皮、树枝等2g
果实种子0.2g
花粉100mg
微生物100mg
动物细胞1×10^7
血清、血浆0.1ml
乳汁1ml
脑脊液、关节液和淋巴液0.2ml
唾液0.05ml
泪液100μl
尿液5ml
分泌蛋白5ml
* 注意:
1.膜蛋白项目,针对哺乳动物的细胞或组织,邦菲生物采用的是Thermo公司的试剂盒提取。细胞量至少5×106
2.细胞样品的收集方法,邦菲生物推荐使用胰酶消化的方法收集,如果客户对用细胞刮的方法很有经验,注意需在细胞裂解液保护的条件下刮细胞。
3.动物组织样品,务必注意漂洗干净,尤其是血。
4.细胞样品注意漂洗干净,尤其血清培养基培养的细胞,白蛋白残留会影响鉴定结果。
5.细胞样品常规情况下,客户收集好细胞样品送样即可。如果客户收细胞时要加入裂解液,请务必提前与邦菲销售或者技术沟通。

结果报告展示

初级结果

primary-analysis-results

高级结果

advanced-analysis-results

参考文献

[1] Li L, Hu X, Xia Y, et al. Linkage of oxidative stress and mitochondrial dysfunctions to spontaneous culture degeneration in Aspergillus nidulans. Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(2): 449-461.

[2] Guo H, Garcia‐Vedrenne A E, Isserlin R, et al. Phosphoproteomic network analysis in the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus reveals new candidates in egg activation. Proteomics, 2015, 15(23-24): 4080-4095.

[3] Tang X, Meng Q, Gao J, et al. Label-free quantitative analysis of changes in broiler liver proteins under heat stress using SWATH-MS technology. Scientific reports, 2015, 5:15119.

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非标定量法(Label-Free)是近年来重要的质谱定量方法,通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标,提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性,广受科研工作者的推崇。

原理

非标定量法(Label-Free)是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同来源样品蛋白的数量变化,认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关,因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度,通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种:

第一种spectrum counts类的非标记方法,发展比较早,已经形成多种定量算法,但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础, 计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。

labelfree

应用领域

疾病标志物筛选、疾病控制机制、药物作用靶点研究、发育机制研究、产量提高、作用机制研究、植物抗逆、营养吸收机制研究、稀有物种研究、特殊功能蛋白质筛选。

技术优势

1.无需昂贵的稳定同位素标签标记样本,实验成本低;

2.信息量大,样本数不受限制,可用于大规模数量样本检测;

3.对样本的操作较少,并且不受样品条件的限制,所需样本量低;

4.可以检测到的肽段动态范围可以达到4个数量级以上,提高了低丰度蛋白质的检测效率、非标记定量准确性。

+ 技术参数

实验路线

labelfree process

实验仪器

Q-Exactive, Q-Exactive HF, Orbitrap Fusion, Orbitrap Fusion Lumos

送样要求

样品类型送样要求
常规动物组织15mg
坚硬动物组织100mg
动物毛发10mg
常规植物组织100mg
木本植物的树根、树皮、树枝等2g
果实种子0.2g
花粉100mg
微生物100mg
动物细胞1×10^7
血清、血浆0.1ml
乳汁1ml
脑脊液、关节液和淋巴液0.2ml
唾液0.05ml
泪液100μl
尿液5ml
分泌蛋白5ml
* 注意:
1.膜蛋白项目,针对哺乳动物的细胞或组织,邦菲生物采用的是Thermo公司的试剂盒提取。细胞量至少5×106
2.细胞样品的收集方法,邦菲生物推荐使用胰酶消化的方法收集,如果客户对用细胞刮的方法很有经验,注意需在细胞裂解液保护的条件下刮细胞。
3.动物组织样品,务必注意漂洗干净,尤其是血。
4.细胞样品注意漂洗干净,尤其血清培养基培养的细胞,白蛋白残留会影响鉴定结果。
5.细胞样品常规情况下,客户收集好细胞样品送样即可。如果客户收细胞时要加入裂解液,请务必提前与邦菲销售或者技术沟通。

结果报告展示

初级结果

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高级结果

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+ 文献及案例

参考文献

[1] Li L, Hu X, Xia Y, et al. Linkage of oxidative stress and mitochondrial dysfunctions to spontaneous culture degeneration in Aspergillus nidulans. Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(2): 449-461.

[2] Guo H, Garcia‐Vedrenne A E, Isserlin R, et al. Phosphoproteomic network analysis in the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus reveals new candidates in egg activation. Proteomics, 2015, 15(23-24): 4080-4095.

[3] Tang X, Meng Q, Gao J, et al. Label-free quantitative analysis of changes in broiler liver proteins under heat stress using SWATH-MS technology. Scientific reports, 2015, 5:15119.

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